（一）人秘科
　　协助办领导处理政务和综合协调机关的日常工作；负责文秘、机要、信息、档案、保密、保卫和后勤保障等行政事务工作；掌握全市口岸、海防、打私日常动态；负责办政务公开和效能建设日常事务工作；负责办机关人事劳动、教育培训和外事工作；负责办机关离退休干部工作。
（二）口岸管理科
　　负责全市一、二类口岸对外开放、整顿、关闭的论证审查、上报；负责全市口岸客、货运输的协调、管理工作；负责对全市直通港、澳陆路车辆的核报与管理；负责对开辟国（境）外航线、航班和申请临时进入我市非开放区域的外籍交通工具事宜提出审查意见；负责全市口岸查验设施的建设和机构设置、人员编制的规划及核报事项，协调、督促实施规划、投资、设计施工与主体工程的同步建设工作；负责协调、仲裁口岸涉外问题的争议；负责海峡两岸试点直航的市内口岸管理工作；协助处理涉及口岸的海防、打私工作；负责对本市口岸进出口外贸货物、入出境人员、交通运输工具的统计、综合分析；负责口岸通关环境建设工作；负责全市共建文明口岸工作；负责口岸法律法规宣传、教育、培训工作。
（三）海防管理科
　　负责组织、协调有关职能部门开展海上治安综合治理和专项治理行动，打击海上各类违法违规行为，规范海上生产秩序；配合有关部门做好全市反偷私渡工作和偷私渡人员遣返事务；配合有关部门开展隐蔽战线斗争；负责对沿海重点地区、岛屿的船管站、海防交通道路、电信通讯等海防安全监控系统基础设施建设的协调和管理；组织、协调有关地区和部门开展军港航道清障工作及对台军事斗争有关本系统的保障工作；负责与驻莆海军、莆田军分区、市公安边防支队的联系；负责综合海防管理情况，总结推广经验，提出工作建议；负责全市海防工作有关数据的统计、综合分析；负责海防法律法规宣传、教育和培训工作。
（四）打私工作科
　　负责组织、指导、协调、监督、检查全市打私工作，根据我市实际，提出打私综合治理措施；负责协调跨行业、跨部门的缉私工作，协调市内各执法部门、综合经济管理部门和行业主管部门的工作关系，建立横向联系交流渠道，协调解决在新的缉私体制下出现的新情况、新问题，负责反走私领导责任制和专项斗争、联合行动等综合治理工作的落实；负责监督、协调走贩私大要案的查处工作，掌握各地、各部门查处案件情况和执法力度，对百万元以上的走私案件实行跟踪督办制度，对群众举报的走私案件责成有关部门办理；负责综合打私治理工作情况，对行业反应突出、社会影响面大的敏感问题开展调查研究，总结推广经验，提出工作建议；负责本系统缉私罚没收入的汇解缴库和专项办案经费使用管理工作，组织、协调打击走私的基础设施建设、缉私部门的更新装备工作；负责全市缉私工作有关数据的统计、综合分析；负责打私法律法规宣传、教育和培训工作。
（五）秀屿办事处
　　贯彻执行党和国家有关口岸管理工作的方针、政策和法规；检查和监督驻现场口岸各单位按照各自的职责和规定，对出入境人员、交通工具、货物和行李物品进行监督管理以及检查、检验、检疫等工作；负责协调和处理驻秀屿现场口岸各单位对外工作之间的关系；代表市口岸办履行秀屿港区和湄洲岛现场的口岸日常工作；管理秀屿联检大楼；组织驻现场口岸各单位对职工进行政策、法纪教育，开展精神文明建设活动，协调有关部门对口岸重大涉外问题和严重违反口岸纪律问题进行查处；完成市口岸办交办的其他工作。